Le terroir d'un café ne s'arrête pas au sol et à l'altitude : il se joue aussi dans la cuve de fermentation. Une étude publiée en ligne le 18 décembre 2025 dans Food Chemistry: Molecular Sciences suit cette étape pendant 72 heures sur un arabica lavé. Elle fait partie du numéro de juin 2026 de la revue. Le café provient du Monte Tsetsera, dans le parc national de Chimanimani, au Mozambique. Quelques microbes prennent le dessus, et les composés floraux et fruités grimpent en flèche.
La variété, l'altitude, le climat et le sol sont les facteurs habituellement cités pour expliquer ce qu'un café doit à son lieu d'origine. Les dix auteurs travaillent au Brésil, au Portugal, au Mozambique et au Canada. Ils y ajoutent une autre idée : le terroir microbien, soit « le lien entre les communautés microbiennes locales et l'expression sensorielle ». Ils présentent leurs travaux comme la première étude multi-omique de la fermentation du café en Afrique, ce qui signifie ici associer l'analyse chimique au séquençage de l'ADN.
Quel est le rôle de la fermentation dans un café lavé ?
La méthode lavée domine le café de spécialité, et elle varie beaucoup d'un producteur à l'autre. D'abord, un mécanisme arrache la peau et l'essentiel de la chair de la cerise. Le grain en ressort couvert d'une couche de mucilage. Il fermente ensuite dans une cuve ou un bac d'eau jusqu'à ce que cette couche soit assez dégradée pour partir au lavage, puis vient le séchage.
Le bon moment est décisif pour la qualité. La fermentation peut durer jusqu'à 72 heures, selon la température, l'altitude, la quantité de mucilage et la concentration de certaines enzymes. Certains producteurs frottent le café pour vérifier : il crisse une fois la chair dégradée. Laissé trop longtemps, il peut développer de mauvais goûts.
L'élimination du mucilage est elle-même une réaction pilotée par des enzymes naturellement présentes dans la cerise. Alors, que font tous ces microbes dans l'eau ?
Que devient un café pendant 72 heures de fermentation ?
L'étude s'est déroulée en juin 2024, pendant la récolte. Environ 12 kg de cerises mûres de Coffea arabica ont été cueillies à la main et dépulpées, puis réparties en trois portions d'environ 4 kg. Chacune a été placée dans un récipient stérile en plastique avec 4 L d'eau fraîche non chlorée. La recherche travaille à cette petite échelle : le dispositif reproduit en miniature la fermentation que les producteurs mènent en cuve à l'échelle industrielle.
Aucun ferment n'a été ajouté : il s'agit d'une fermentation spontanée, sur l'exploitation, entre 20 et 30 °C le jour et entre 14 et 20 °C la nuit. Les grains ont été remués à la main toutes les 24 heures, et le liquide a été prélevé six fois. Les grains ont ensuite été soigneusement lavés et séchés dans une étuve à circulation d'air.
Des enzymes microbiennes scindent le saccharose en sucres plus simples dès les premières heures. Le fructose est passé de 5,57 à 0,19 g/L, et le glucose de 4,34 à 2,48 g/L. L'acide lactique a connu la plus forte hausse parmi les acides organiques, pour atteindre 10,47 g/L à 72 heures.
L'analyse a identifié 74 composés volatils, dont 15 alcools, 9 esters et 10 alcanes : tous ne sont donc pas des arômes. Le changement clé survient avec le temps : des composés de la pulpe jusqu'à 36 heures, puis des alcools et des esters d'origine microbienne à partir de 48 heures.
Leuconostoc, Hanseniaspora, Galactomyces : quels sont les principaux acteurs ?
Une communauté variée, attribuée à l'environnement, aux cerises et à la manipulation, a cédé la place à quelques groupes bien adaptés. Trois noms se détachent.
Leuconostoc est une bactérie lactique. Sa part est passée de 34,42 % de la communauté bactérienne à 89,99 % à 72 heures, ce qui concorde avec l'accumulation d'acide lactique. Les grains verts contenaient 0,78 mg/g de cet acide, d'origine surtout microbienne et associé à l'acidité, au corps et à la rondeur en tasse.
Lactobacillus, qui tolère mieux l'acidité, dépasse généralement Leuconostoc dans les fermentations de café. Ici, Leuconostoc est resté dominant jusqu'au bout. Il était aussi très présent dans toutes les fermentations d'un essai mené au Yunnan : ce résultat n'a donc rien d'une curiosité isolée.
Hanseniaspora est une levure largement reconnue pour produire de grandes quantités d'esters. Sa part est montée de 4,15 % de la communauté fongique à un pic de 67,63 % à 48 heures. Le fructose a baissé davantage que le glucose, à l'inverse du schéma habituel dans le café, et ce genre est souvent associé à une préférence pour le fructose.
Galactomyces partait de 11,28 % et a dominé la fin de l'expérience, avec 44,82 % à 72 heures. Dans les produits laitiers et le cacao, ce genre a été associé à des saveurs beurrées, crémeuses et miellées, que cette étude n'a pas mesurées.
C'est l'association qui constitue la vraie surprise. Pichia est la levure le plus souvent signalée comme dominante, notamment en Colombie, en Équateur et en Australie. Voir Hanseniaspora et Galactomyces ensemble semble être une première, que ce soit dans la fermentation du café ou dans tout autre système fermentaire connu.
Les producteurs peuvent agir là-dessus. Dans une expérience contrôlée menée au Yunnan, la durée de fermentation est le paramètre testé qui a le plus influé sur la composition des grains et la qualité sensorielle. La variété et la géographie locale déterminent aussi le poids de chaque paramètre.
Les levures vont plus loin. Des fermentations humides ensemencées avec les levures H. uvarum ou P. kudriavzevii ont donné 2 à 3 fois plus de métabolites, les composés que produisent les microbes, dans les grains verts qu'un témoin spontané. Leurs tasses ont aussi obtenu de meilleures notes en saveur, en arôme et en acidité. Ces teneurs en métabolites ont fortement chuté après la torréfaction, tout en restant supérieures.
D'où viennent les molécules florales et fruitées ?
La voie d'Ehrlich est plus simple qu'il n'y paraît. En quelques étapes, les levures convertissent un acide aminé, la phénylalanine, en un alcool odorant : l'alcool phényléthylique, à l'arôme de rose. Les esters apportent le fruit : ils se forment quand un alcool réagit avec un acide, ou l'un de ses dérivés.
| Dans le liquide de fermentation | Arôme | Valeur antérieure | À 72 heures |
|---|---|---|---|
| Alcool phényléthylique | Rose | 0 au départ | 376,90 |
| Linalol | Floral | 20,62 au départ | 475,45 |
| Acétate d'éthyle | Fruité, sucré | 200,82 à 60 heures | 7 842,38 |
Les valeurs sont des estimations plutôt que des concentrations exactes : elles sont exprimées en µmol/L d'équivalents d'alcool phényléthylique, faute d'étalons pour l'ensemble des 74 composés.
Le linalol était déjà présent avant la fermentation, puis il a fortement grimpé. Dans les cafés africains, les composés de cette famille sont liés à des notes de jasmin, d'agrumes et de baies. Sa hausse concorde avec l'activité des levures, même si une origine microbienne reste une hypothèse.
Par rapport aux études menées au Pérou, au Brésil et en Australie, les teneurs en linalol et en alcool phényléthylique paraissent ici inhabituellement élevées.
Dans le café vert, l'alcool phényléthylique représentait 2,5 % de l'aire chromatographique, c'est-à-dire sa part du signal de laboratoire et non une concentration.
Est venu ensuite un cupping à l'aveugle : trois Q Graders ont dégusté le café torréfié après 18 heures de repos. Il a obtenu 87,25 points selon le protocole SCA, un score de café de spécialité, avec un caractère prononcé de fleurs et de fruits rouges.
Trois points à garder en tête sur ces résultats
- Un lot, un site, une récolte. Toutes les cerises provenaient d'un seul lot, et il n'y avait pas de groupe témoin.
- Aucune hiérarchie avec le terroir. La fermentation s'ajoute à l'altitude, à la variété et au sol. Aucun de ces facteurs n'a été modifié ni mesuré ici.
- Mesuré avant la tasse. Les composés ont été analysés dans le liquide et les grains verts : leur lien avec les notes dégustées reste donc une association.
Retour au mucilage : aucun gène permettant de le dégrader n'a été trouvé chez les microbes dominants à 72 heures. Ce sont peut-être les enzymes du café lui-même qui éliminent ici le mucilage, et le vérifier demanderait des prélèvements plus précoces.
Ce que « lavé » et « floral » peuvent vous dire sur un paquet de café
D'abord, « lavé » ne veut pas dire non fermenté. Le procédé comprend une étape de fermentation, qui est allée ici jusqu'au haut de la fourchette, à 72 heures. Le café lavé présente souvent une acidité plus marquée et plus nette. Les lots lavés de Yirgacheffe peuvent être intensément floraux et aromatiques, avec des notes de thé et d'agrumes.
Ensuite, un composé floral n'indique pas à lui seul une origine. Le linalol figurait dans presque tous les arabicas d'une série de 10 cafés d'origine unique, de l'Amérique centrale à l'Indonésie, mais probablement trop faiblement pour modifier leur arôme. Dans cette même série, le niveau de torréfaction a davantage séparé les profils volatils que l'origine. Sous le climat subtropical humide de Santa Catarina, une autre communauté (Enterobacter, Fusarium, Pantoea) a elle aussi donné un café de spécialité, mais avec une faible acidité citrique et un corps moyen.
Enfin, la ligne consacrée au procédé mérite d'être lue. Les paquets de meilleure qualité indiquent généralement la région, la variété, le procédé et les saveurs. Les microbes ne figurent pas sur cette liste, et pourtant les moindres changements de traitement peuvent avoir des effets saisissants, qu'on continue d'explorer.
Deux usages futurs se profilent : des ferments adaptés à chaque région et des critères pour distinguer les cafés de spécialité africains. Aucun des deux n'existe encore.
Pour aller plus loin
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